「全國中醫醫學校院會議秘書處」之目標：藉由研擬工作計畫、協調工作分配、追蹤執行進度、聯繫產官學研界、提報政府施政參考，為台灣中醫校院系提供且維持最好的中醫醫學教育品質，使它們能保持全世界最好的中醫校院系標竿，最終目的是要為台灣社會培育優質的中醫人才。 「全國中醫醫學校院會議秘書處」設立於中國醫藥大學，其下設工作小組，其主要職責為：

1. 協助「全國中醫醫學校院會議」相關會議庶務工作。
2. 研擬「全國中醫醫學校院會議」工作計畫，並提報「全國中醫醫學校院會議」討論。
3. 協調「全國中醫醫學校院會議」工作分配。
4. 追蹤「全國中醫醫學校院會議」工作任務。
5. 協助「全國中醫醫學校院會議」與產官學研界交流聯繫。
6. 呈報「全國中醫醫學校院會議」共識提供政府主管機關施政參考。